Понадобился запрос с проверкой ключей по массиву. Заюзал функцию db_placeholders:
<?php
$nids = array(1, 2, 3);
db_query('SELECT *
FROM {comments} c
WHERE c.nid IN (' . db_placeholders($nids, 'int') . ')
ORDER BY c.nid', $nids
);
?>
upd. by Georgique:
А вот так в D7
<?php
$nids = array(1, 2, 3);
$result = db_select('comments', 'c')->condition('c.nid', $nids, 'in')->orderBy('c.nid')->execute();